رابطه امیر قلعه‌نویی و مدیران وقت باشگاه استقلال پس از جدایی این مربی از جمع آبی‌پوشان در بهار سال ۱۳۸۸ حسابی تیره شد.
امیر قلعه‌نویی پس از این‌که استقلال را به مقام قهرمانی هشتمین دوره پیکارهای لیگ برتر رساند، دیگر نتوانست با امیررضا واعظ آشتیانی کار کند و از جمع آبی‌ها جدا شد تا هدایت سپاهان را قبول کند. دقیقا از همان زمان بود که تقابل لفظی او با مدیران باشگاه استقلال بالا گرفت و گاهی اوقات کار حسابی به اوج می‌رسید. این اتفاق اواخر مهر ماه سال۸۸ تکرار شد و طرفین حسابی مقابل هم ایستادند.
باشگاه استقلال با انتشار بیانیه‌ای که روز بیست‌وسوم مهر سال ۸۸ در زیرنویس منتشر شد، پیرامون میزان طلب امیر قلعه‌نویی از این باشگاه توضیحاتی ارائه کرد و مدعی شد بدهی استقلال به ابن مربی کمتر از حدی است که دوستانِ او مطرح می‌کنند. این باشگاه همچنین تاکید کرد در فصل گذشته یعنی هشتمین دوره لیگ برتر اتفاقاتی افتاد که با پرستیژ استقلال جور نبود. در بیانیه استقلال این‌طور ادعا شده بود که برای عقد قرارداد با بازیکنان به جای این‌که از فضای موجود در ساختمان باشگاه استفاده شود، آنها را به اماکن دیگری نظیر مرغداری می‌بردند و قرارداد می‌بستند!
بیانیه باشگاه باعث ناراحتی امیر قلعه‌نویی شد به‌طوری که در گفت‌وگو با زیرنویس که همان روز بیست‌وسوم مهرماه منتشر گردید، به این انتقادات جواب داد و مدعی شد بازیکنان مدنظر او در سال ۱۳۸۷ داخل مرغداری قرارداد نبستند بلکه به درخواست او راهی دفتر یکی از دوستانش که در عرصه دام و طیور کشور فعالیت می‌کند می‌رفتند و دور از چشم دیگران مذاکره می‌کردند؛ شخصی که رابطه گرمی با قلعه‌نویی داشت و برای مقطعی رئیس کمیته نقل و انتقالات باشگاه استقلال هم شده بود.
امیر همچنین ادامه داد از وقتی با استقلال خداحافظی کرده و سرمربی سپاهان شده است، کاری به کار این باشگاه ندارد ولی گروهی از مدیران استقلال از هر فرصتی برای مصاحبه کردن و کنایه زدن به او استفاده می‌کنند و علاوه بر روزنامه‌ها و سایت‌ها، حتی از برنامه‌های تلویزیونی هم نمی‌گذرند به طوری که فقط مانده تا برای صحبت کردن علیه او به برنامه عموپورنگ و آشپزی بروند!
